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基本上，「磁化」對水體水質影響缺乏學理上依據。但地球本身就是一個大磁場，因此我們可以說地球上現有的水都已經過磁化。為探討磁化過程對處理後水質之影響，環保署曾委託學術機構對磁化水特性進行探討。該研究使用未加裝任何前處理設備之電子磁化水生成器，對一般自來水、人工合成污染水、實驗室純水進行磁化實驗，就經「磁化」前後之水質進行分析，結果顯示磁化水無論在微生物(包括大腸菌及生菌)、重金屬(包括砷及鉛)、陰離子成分(氯鹽、硝酸鹽、硫酸鹽)以及硬度(鈣離子)等水質參數上均無任何變化。使用磁化水及自來水所保存打破的生雞蛋亦顯示兩者在保存生雞蛋之能力上並無任何明顯差異，兩個杯子中雞蛋均很快腐敗，磁化水並不能有效增加雞蛋之保存時間。整個實驗結果顯示，磁化過程對水質並無任何影響！磁化水淨水器在水質上之改善主要來自過濾、活性碳吸附、離子交換等前處理流程。雖然有廠商稱水的磁化處理具有好處，但沒有可信的研究證明磁場對飲用水有顯著的好處。不過隱藏效果就不得而知了，只希望往後科學家能揭秘。